在欧洲德国一片森林的深处,鸿上基金会的研究小组解开了一个封印,八百年前,炼金术师在这里创造出了拥有神奇力量的金币,由于金币的力量太大而被封印这里。为了得到金币,研究小组根据鸿上会长的指挥打开了炼金术师封印的遗迹。谁知封印打开后,欧洲森林和东京新宿突然对调,心中充满愿望和野心的钢之炼金术师卡拉(Gala)复活,四处搜寻核心硬币企图终结现有世界成为新世界的主宰。 卡拉(Gala)夺取人们欲望这种力量让很多地方发生时间、空间错乱。有的地方回到恐龙时代,有的回到江户时代,映司、比奈和现代少年骏一起穿越时空到了江户时代,和德川八代将军吉宗联手与卡拉对抗希望挽救即将终结世界。